El señor de las moscas cuenta la historia de un grupo de chicos británicos cuyo avión ha chocado en una isla desierta en el Océano Pacífico. (Parece que hay una guerra en el mundo, lo cual importará luego.) Sin adultos, los chicos tienen que cuidarse y organizarse. Los chicos tienen entre seis y doce años. Ralph, uno de los chicos mayores, se hace el "jefe" con la ayuda de una concha de caracol. (Los chicos deciden que quien tiene la concha tiene el poder de hablar en público. Esto ayuda a establecer el orden.)

El primer problema surge cuando los chicos empiezan a temer una "bestia" en algún sitio en la isla. Deciden, sin embargo, que sería mejor hacer una hoguera para señalar a los barcos. Para hacerlo, utilizan las gafas de un muchacho que se llama Piggy ("cerdito", un tipo gordito que es el amigo más leal de Ralph).

Las cosas se calientan cuando otro chico, Jack, que está celoso del poder de Ralph, decide que los muchachos deberían poner más énfasis en cazar (hay cerdos en esta isla) en vez de en mantener la hoguera. Jack – y muchos otros también – parece hacerse más salvaje con más tiempo en la isla. Entretanto, otro personaje principal, un chico sabio y filósofo, Simon, trabaja con Piggy para hacer refugios.

Todo va muy bien hasta que los conflictos latentes se convierten en conflictos poco latentes. Los muchachos que deberían cuidar la hoguera se escapan de su trabajo y matan un cerdo. La escena hace que los chicos parezcan salvajes primitivos en vez de caballeros británicos muy bien educados. La sangre de la caza es muy emocionante hasta que se dan cuenta de que mientras satisfacían su apetito de sangre, la hoguera se apagó y un barco pasó sin verlos. También, Jack le ha pegado a Piggy en la cara, rompiendo uno de los cristales de sus gafas.

En este momento un hombre muerto en un paracaídas aterriza como Mary Poppins en la isla. Parece que viene de la guerra. De todos modos, los muchachos creen que el hombre es la "bestia" y comienza una persecución para encontrarlo y matarlo. Sólo Simon duda que exista tal criatura y cree que la bestia es una parte de ellos mismos y que sólo tienen miedo de sí mismos. Él va al bosque para contemplar la situación mientras Jack y Ralph suben al monte y encuentran la bestia, pero no se quedan el tiempo suficiente para ver que sólo es un hombre muerto.

En el grupo, Jack decide que Ralph ya no debería ser el jefe. Se separa de la unión e invita a quien quiera que venga con él para matar cerdos – y quizás a unas personas si les antoja. Ralph y Piggy se encargan de hacer la hoguera pero se dan cuenta de que la mayoría de los chicos mayores se han marchado, supuestamente con Jack. Mientras tanto, Simon está escondido en su lugar de meditación, una "cueva de parras" en el bosque, mirando a Jack y sus amigos cazar un cerdo. Esta vez matan una cerda (en una escena descrita un poco como una violación), le quitan la cabeza y la ponen en un palo en el suelo.

Simon mira la cabeza, que llama "el Señor de las Moscas" y ésta le dice (él está alucinando) que es la bestia y que es una parte de él. Simon se desmaya, se lastima la nariz y se despierta cubierto con sudor, sangre y otras cosas asquerosas. A pesar de todo esto decide seguir subiendo el monte para enfrentarse con la bestia. Simon descubre que la bestia es nada más que un hombre. Luego vomita y baja tambaleándose.

En este punto Ralph y Piggy, muertos de hambre, asisten con los otros chicos a una gran fiesta que Jack, quien está decorado como un ídolo, ha organizado. Es una reconstrucción frenética de la caza de la cerda. Sin embargo, llega Simon, todavía sangriento, sudoroso y cubierto con vómito. Se tambalea en medio de los chicos locos. Intenta contarles de la bestia pero no lo reconocen y lo pican con sus lanzas hasta la muerte. Otra vez, los chicos son representados como animales salvajes.

Esa noche el mar lleva el cuerpo de Simon. Lleva también al hombre del paracaídas, que fue recogido por el viento, otra vez en el estilo de Mary Poppins. Ralph y Piggy deciden más tarde que no tenían nada que ver con la matanza de Simon.

De aquí en adelante la situación empeora. La banda de Jack ataca a Ralph y Piggy y roba las gafas de Piggy para hacer su propia hoguera. Cuando Ralph y Piggy se deciden a hablar en calma con los "salvajes" Roger empuja una roca grande de un precipicio y ésta mata a Piggy. Ralph sale corriendo para salvarse la vida porque cree que va a acabar con la cabeza en un palo. Por fin llega a la orilla y se tropieza con un oficial de la marina británica. Los muchachos son rescatados de su guerra fingida pero quedamos con la imagen del "trim cruiser" de la marina de la guerra verdadera de los adultos.