Estamos en 1775. Se avecinan problemas en la campiña francesa. Por lo visto, a los campesinos no les gusta morir de hambre ni pagar impuestos hasta quedarse sin nada. ¿Quién lo diría, eh?

Al inicio de la novela, un caballero británico, ataviado cual hombre de negocios, se adentra en el corazón de París. Se encuentra en una misión de lo más inquietante, tanto como para hacer llorar a cualquier empresario. Verás: hace dieciocho años, un médico francés fue encarcelado sin previo aviso (ni juicio previo). Estuvo encerrado en la peor de las prisiones, la Bastilla. Después de casi dos décadas, quedó en libertad, de nuevo sin ningún tipo explicación, y ahora vive en lo de uno de sus antiguos sirvientes, Ernst Defarge. El señor Lorry (nuestro empresario británico) pretende llevarse al médico francés de vuelta a Inglaterra, donde podrá vivir en paz con su hija.

El doctor Manette será libre, pero sigue deshecho. Pasa la mayor parte del tiempo arreglando zapatos y paseando de un lado para otro en su oscuro cuarto. El doctor, que está tan acostumbrado al reducido espacio de la prisión que no entiende que ahora puede salir donde quiera, parece condenado a una vida digna de lástima.

Afortunadamente para él (y pensándolo bien, para el señor Lorry), tiene la hija más perfecta del mundo. Lucie, la niña a la que se vio obligado a abandonar hace dieciocho años, es ahora una encantadora, sonriente, hermosa y perfecta estrella del firmamento. Todo lo que toca parece convertirse en oro. Vomita si quieres, pero Lucie no dejará de ser perfecta. De hecho, necesitará hasta la última gota de esa perfección para devolverle la salud a su padre.

Como era de esperar, logra traer al doctor Manette de vuelta a la realidad. Lo cierto es que nunca llegamos a dudar de ella. Al cabo de cinco años (es decir, en 1780, para los que estén contando), el doctor Manette ya es un hombre nuevo. Vuelve a dedicarse a la medicina, y él y Lucie viven en una pequeña casa en Soho. No tienen mucho dinero (al doctor Manette le confiscaron todo el efectivo en Francia), pero Lucie se encarga de aportar brillo y alegría a sus vidas. En otras palabras, son bastante felices. Por si eso fuera poco, también adoptan al señor Lorry, que se convierte en una especie de tío de facto.

Retomando la historia donde la dejamos en 1780, el doctor Manette y Lucie son llamados a declarar como testigos en un caso de traición. Por lo visto, un joven llamado Charles Darnay está acusado de proporcionar información clasificada al gobierno francés. Los juicios ingleses de la época se asemejan a engañosos trucos de magia (a Dickens le encanta burlarse de los "honorables" miembros de la corte). Gracias al clemente testimonio de Lucie y a la rápida actuación de un hombre que tiene un extraño parecido a Charles Darnay, éste es declarado inocente.

Ya un hombre libre, Charles Darnay se da cuenta de lo perfecta que es nuestra querida Lucie. Acaba abriendo una tienda en la casa de los Manette, por lo que va de visita casi todos los días. El doble de Charles, un hombre de dudosa reputación (aunque, seamos sinceros, muy agradable) llamado Sydney Carton, también se siente atraído por Lucie. Si Charles es resplandeciente, bueno y perfecto, Sydney es… todo lo contrario. También le gusta menospreciarse a sí mismo. De hecho, creemos que le vendría bien uno de esos tratamientos para levantarte la autoestima en doce pasos.

Sydney ama a Lucie con todo su corazón, pero está convencido de que no la merece. ¿Y qué se le ocurre? Decirle precisamente por qué ella nunca podrá llegar a quererlo. ¡Sorpresa!: ella opina lo mismo. Quiere ayudarlo a ser mejor persona, pero él prefiere regodearse en su desgracia. Después de todo, regodearse parece divertidísimo, ¿no crees? Hecho un trapo. Así está Sydney, en pocas palabras.

A Charles, por otra parte, le va un poco mejor. Se casa con Lucie. El día de su boda, le revela un secreto al doctor Manette: en realidad es un noble francés, y no cualquier noble, sino el mismísimo marqués de Evrémonde. Como en las novelas de Dickens todo tiene que estar perfectamente interrelacionado, no resulta sorprendente que los Evrémonde sean los malvados hermanos que encerraron al buen Manette. Desde luego que el doctor se lleva un buen susto al principio, pero con el tiempo se da cuenta de que Charles es totalmente distinto a su padre y a su tío (los malvados Evrémonde), por lo que está dispuesto a juzgarlo por el hombre que es, y no por la familia que dejó atrás.

En Inglaterra todo parece marchar sobre ruedas: Charles se muda con los Manette y gana un salario decente como tutor, y el doctor parece estar tan feliz como siempre. Pero espérate un momento, ¿no era esta una historia de dos ciudades? ¿Qué ocurrió con la otra?

Está bien, nos pillaste. Mientras todo va como la seda en Londres, la situación en París no puede ser peor. Ojalá estuviéramos bromeando. El pueblo se muere de hambre, los nobles atropellan a los niños con sus carruajes y todo el mundo parece estar descontento. El nivel de desagrado es tal, que la gente empieza a unirse como "ciudadanos" de una nueva república. En este momento, Ernst Defarge y su esposa están en el centro de un grupo revolucionario. Suponemos que son revolucionarios porque son extremadamente herméticos. Además, sabemos que se llaman "Jacques" entre ellos, eso es "Jack" en francés.

En la aldea de los Evrémonde, el marqués fue apuñalado durante la noche. ¡Ay, no! El gobierno ordena ahorcar al asesino, pero las tensiones no desaparecen. Finalmente, el administrador de las tierras de los Evrémonde, desesperado, envía una carta al nuevo marqués: debido al odio que el pueblo profesaba al antiguo marqués, lo encerraron a él en prisión.

Una serie de casualidades hacen que Charles reciba la carta. No olvidemos que él es el marqués. Habrá sido despojado de su antiguo título y de sus tierras, pero no puede evitar sentirse responsable del destino de su administrador. Sin contar nada de lo ocurrido a su esposa ni a su suegro, se va para Francia.

Pero desgraciadamente, escoge un mal momento para vacacionar. Para cuando llega a la costa francesa, los revolucionarios ya derrocaron al gobierno. El rey está a punto de ser decapitado y la siguiente va a ser la reina. Las ideas de asesinato y venganza inflaman a la turba. Tan pronto lo detienen, Charles se da cuenta del grave error que cometió. Cuando llega a París, lo hace en calidad de prisionero. Conforme a las nuevas leyes, es condenado a la guillotina.

Por fortuna, el doctor Manette se entera de lo sucedido y, junto con Lucie, viaja a París de inmediato. Al llegar se da cuenta de que se convirtió en una especie de celebridad, ya que los que han sido arrestados injustamente durante el antiguo régimen son ahora reverenciados cuales héroes de la nueva república. El doctor aparece en el juicio contra Charles y deslumbra a los jueces cuando suplica por la liberación de su yerno.

Por fin vuelve a reinar la paz. Más bien, la Revolución francesa sigue azotando Francia, pero los Manette y Charles están fuera de peligro, o al menos eso parece durante unas horas. Sin embargo, poco después Charles es arrestado de nuevo. En esta ocasión, los Defarge lo acusan de pertenecer a la nobleza y ser una vergüenza para el país.

Desesperado, el doctor trata de intervenir, pero el segundo juicio de Charles no se desarrolla igual que el primero. Ernst Defarge presenta una carta, escrita por el mismísimo doctor Manette, que condena a Charles a muerte.

¡Un momento! ¿El doctor Manette? ¡Pero eso es imposible! Pues no, no lo es. Hace tiempo, el doctor redactó la historia de su encarcelamiento y guardó los rollos de papel en un muro de la Bastilla. Estos describen un sórdido relato sobre violaciones y asesinatos, crímenes cometidos por el padre y el hermano de Charles. Indignados, los ciudadanos revolucionarios que conforman el jurado concluyen que Charles debe pagar por los delitos de su padre.

Sin embargo, antes de la ejecución, Sydney Carton llega en su rescate. Después de unos cuantos truquitos y disfraces, Charles vuelve a ser un hombre libre. Él y su familia se vuelven para Londres (más o menos) sanos y salvos. Sydney, por otro lado, no acaba tan bien: se hace pasar por Charles en prisión y muere en la guillotina.

Una locura, ¿no crees? Pero la novela cree que su sacrificio es un acto heroico. Y lo cierto es que nosotros pensamos exactamente lo mismo.